هارون اگر چه مردي چند چهره بود و با چهره اي فريبنده كارهاي زشت خود را پنهان مي كرد، و توانست با اين كار تمامي مقاصدش را عملي سازد، اما در يك جهت ناكام بود و آن مبارزه با علويان بود چرا كه او چند سال اول زمامداري اش را براي نابودي آنان همت گماشت، اما دانست كه تا روزي كه رهبر آنان زنده است كاري از پيش نمي برد، از اين رو تصميم به قتل امام گرفت.

سالي هارون به مدينه سفر كرد و رو به حرم مطهر پيامبر نمود و گفت: اي پيامبر! از اقدامي كه مي خواهم به عمل آورم از شما پوزش مي خواهم؛ قصد دارم موسي بن جعفر را بازداشت كنم؛ زيرا مي ترسم در ميان امت اسلامي ايجاد شكاف و اختلاف نموده و موجب خونريزي شود! از اين رو دستور بازداشت امام را صادر نمود و با وقاحت بسيار آن حضرت را در حالي كه در مسجد پيامبر به نماز ايستاده بود، بازداشت نمودند و براي پوشيده ماندن محل تبعيد امام دستور داد دو كجاوه آماده كرده و يكي را با گروهي مسلح به سوي كوفه و ديگري را با اين ترتيب به بصره گسيل داشت و امام را در كجاوه اي كه عازم بصره بود روانه نمود و در آن شهر تحويل فرماندار شهر يعني عيسي بن جعفر دادند.

امام يك سال در زندان بصره به سر مي برد؛ پس از يك سال هارون به عيسي بن جعفر دستور داد امام را به قتل برساند؛ او كه شيفته ي امام شده بود، از انجام اين عمل سرپيچي كرد؛ هارون سندي بن شاهك را كه از سرسپردگان دربارش بود مأمور دستگيري آن بزرگوار كرد.

امام از سال 179 تا سال 183 در زندان بغداد به سر مي برد و در اين مدت هارون از هرگونه فشار و تضييق نسبت به آن شخصيت فروگذار نكرد تا به پندار خود ايشان را وادار به تسليم نمايد؛ ولي با مقاومت امام روبه رو گرديد و هنوز چشم مردم محروم از چهار گوشه ي كشور اسلامي به سوي او دوخته بود.

سرانجام هارون در سال 183 مخفيانه دستور مسموم كردن امام را صادر كرد و اين عمل به وسيله ي سندي بن شاهك كه رئيس پليس بغداد بود به مورد اجرا گذارده شد و بدين ترتيب پيشواي هفتم با وضع دلخراشي در زندان بغداد به شهادت رسيد.

بر اين اساس مدت بازداشت امام 4 سال بوده است؛ ولي برخي از مورخان مدت اقامت ايشان را 6 و 7 سال نوشته اند؛ البته بررسي منابع تاريخي نشان مي دهد كه امام در ظرف اين چند سال، مدت كوتاهي از زندان آزاد شده و پيش از آن كه بغداد را ترك گويد، مجددا بازداشت شده است.

هارون پس از مسموم ساختن امام و براي محو آثار اين جرم، ظرف دو سه روزي كه امام در آستانه ي شهادت قرار گرفته بود، هشتاد نفر از شخصيت ها را جمع كرد تا وضع زندان را ملاحظه كرده و از عدم شكنجه ي ايشان آگاه شوند؛ سپس در آخر كار پيغام داد: خدا سندي بن شاهك را لعنت كند او اين كار را بدون اجازه ي من انجام داده است! [1] .