انديشه سياسي امام منبعث از وحي و خطابه ديني است و بر پايه «صبر و استقامت» استوار بود و ايشان مانند جد بزرگوارشان و بر اساس آيه ي شريفه ي «فاستقم كما امرت» براي مبازره با حاكمان جابر عباسي و نيز اثبات حقانيت اهل بيت (ع) از دو عنصر صبر و استقامت بهره مي بردند. امام بر اساس سنت جد مكرمشان و برخورداري از دانش پدر بزرگوارشان به هدايت شيعيان مي پرداخت و در چالش مستقيم با حكومت غاصب قرار داشتند. امام كاظم (ع) در بين ائمه اطهار بيشترين چالش سياسي با حكومت را داشتند و در زمينه مبارزه با حاكمان جور بخش اعظمي از عمر گرانمايه خود را در زندان بسر بردند.

نحوه ارتباط امام موسي كاظم (ع) با حكومت و سياست از طريق ياران نزديك ايشان و نوع برخورد با فرقه ها و تفكرات موجود در آن دوران از روشهاي حضرت براي هدايت جامعه اسلامي است. امام (ع) در روند هدايت جامعه علوي به صورت عام و جامعه شيعي به صورت خاص توانست با نوع ارتباطي كه با حكومت و سياست از طريق ياران نزديكشان برقرار مي كرد، از جريانهاي روز آگاه شود.

ايشان با اينكه در حكومت دخالت نمي كرد و آن را غاصب مي ناميد، هرگز خود را از جريانهاي سياسي روز جدا نمي دانست. نمونه بارز نحوه ارتباط حضرت با سياستهاي روز و آگاهي به اتفاقهاي حكومتي، حضور «علي بن يقطين» يكي از ياران خاص ايشان در دربار هارون الرشيد و به دستور ايشان بود.

چنانچه امام موسي بن جعفر (ع) جهت سامان دادن به مبارزات سياسي و حمايت از نيروهاي شيعي برنامه اي تدارك ديد كه بر اساس آن نيروهاي فعال و مطمئن در مسؤوليتهاي كليدي حكومت قرار مي گرفتند كه يكي از اعضاي فعال آن علي بن يقطين بود. علي بن يقطين بارها از امام (ع) خواست كه اجازه دهد از مسؤوليتهاي خويش در حكومت بني عباس كنار رود لكن امام (ع) بدان رضايت نداد و به او مي فرمود: «شايد خداوند به وسيله تو شكسته احوالي ها را جبران و آتش فتنه مخالفان را از دوستان خويش دفع كند.» و در جاي ديگر فرموده است: «خداوند اوليائي در ميان ستمگران دارد كه به وسيله آنان از بندگان نيك خود حمايت مي كند و تو از اولياء خدايي.» بنا به دستور امام كاظم (ع) علي بن يقطين اموري را برعهده داشت از جمله: