هارون، بغض و كينه نسبت به علويان را از جد خويش منصور به ارث برد و از همان روزهاي نخست حكومت خود، با سنگدلي و كينه توزي خاصي به مقابله و مبارزه با آنان پرداخت و سياستش اين بود كه فرزندي از علي (ع) روي زمين نماند؛ از اين رو با صراحت مي گفت: (من، آنان (علويان) و پيروانشان را خواهم كشت). [1] .

در اجراي اين سياست، به محض رسيدن به قدرت فرماني مبني بر خراج علويان از بغداد و تبعيد آنان به مدينه صادر كرد [2] و دست مزدوران خود را در اذيت و آزار فرزندان علي (ع) بازگذاشت؛ به حدي كه علويان مجبور شدند به صورت ناشناس به روستاها و نقاط دور دست پناه ببرند و خود را از ديد مأموران حكومتي پنهان سازند. با اين حال جلادان بني عباس جمعي از آنان را به پاي چوبه اعدام كشاندند و گروهي را زنده زنده لاي ديوار گذاردند و عده زيادي از آنان را به زندان افكندند.

(حميد بن قحطبه) يكي از جلادان هارون مي گويد: (زماني كه در طوس بودم نيمه شبي هارون مرا احضار كرد و به من دستور داد: اين شمشير را بگير و دستور اين خادم را اجرا كن من شمشير را گرفتم و پشت سر خادم راه افتادم. او مرا به نزديكي منزلي آورد كه در آن بسته بود. در منزل را باز كرد.

درون منزل سه اتاق و يك چاه قرار داشت. در اتاق اول را باز كرد، ديدم بيست نفر پيرمرد، ميان سال و جوان كه موهاي بلند و بافته داشتند و به غل و زنجير بسته شده بودند در درون آن قرار دارند. خادم هارون به من گفت: دستور اميرالمؤمنين اين است كه اين عده را بكشي. اينها همه از اولاد علي و فاطمه هستند. او يكي را پس ديگري از اتاق بيرون مي آورد و من مي كشتم و او پيكرهاي آنان را به درون چاه مي انداخت.

سپس در اتاق دوم را باز كرد. در آن اتاق بيست نفر ديگر از اولاد علي (ع) بودند. با آنان نيز همان معامله را كردم. در اتاق سوم نيز بيست نفر ديگر زنداني بودند كه مأمور شدم آنان را نيز به چهل نفر قبل ملحق سازم. نوزده نفر را كشتم. آخرين نفر پيرمردي بود كه رو به من كرد و گفت: بدا به حالت اي مرد! روز قيامت در پيشگاه جد ما، رسول خدا (ص) با كشتن شصت تن از فرزندان او چه عذري داري؟. دستهاي من به لرزه افتاد (انگار) گوشتهاي بدنم از هم جدا مي شد. خادم با نگاه غضب آلودي به من نگريست و مرا به قتل او وادار كرد. سرانجام پيرمرد را نيز كشتم و او بدنش را در چاه انداخت. [3] .