پيشواي ششم، سيمايي ملكوتي، نوراني و جذاب داشت و نگاه به چهره اش بيننده را به ياد چهره ملكوتي پيامبران مي انداخت. عمر بن ابي مقدام مي گويد:

هر زمان به چهره جعفر بن محمد مي نگريستم، يقين پيدا مي كردم كه او از دودمان پيامبران است. [1] .

حضرتش از نظر شمايل جسماني مردي معتدل و متوسط القامه، زيبا روي و خوش سيما و داراي موي مشكي و مجعد بود و ميان استخوان بيني اش كمي برجستگي داشت. در قسمت بالاي پيشاني اش خالي از مو و بر گونه اش خالي مشكين و در بدنش چند خال سرخ وجود داشت و نازك پوست بود. [2] .