از جمله محورهاي مهم فعاليتهاي علمي و فرهنگي امام صادق (ع) مبارزه با مكتبها و مسلكهاي اعتقادي نوپا و بي اساسي بود كه در دوران امامت آن حضرت پديد آمده يا رشد كرده بودند. اين مسلكها به دو بخش عمده تقسيم مي شوند:

الف - مذاهب اسلامي

مهمترين اين مذاهب عبارت بودند از: معتزله، مرجئه، كيسانيه، زيديه، غلات و صوفيه.

پيشواي ششم (ع) به تناسب اعتقادات و ميزان انحرافات هر يك از گروههاي ياد شده در برابر آنها موضع گرفت. جهتگيري كلي حركت امام (ع) در برابر پيروان اين فرقه ها، هدايت و ارشاد آنان به راه حق، بود ليكن موضع آن گرامي در برابر بسياري از سران اين گروهها كه افرادي كينه توز و شيطان صفت بودند و اميدي به هدايت آنان نبود، موضع برملا كردن چهره ضد اسلامي آنان براي مردم و طرد ايشان از سلك امت اسلامي بود.

ب - مكاتب مادي

امام (ع) با بيانات و رهنمودهاي كلي در زمينه مسائل اعتقادي، مناظرات رسمي با سران گروههاي الحادي و برخوردهاي موردي به مبارزه با تفكر زنديقيان و ماديگرايان پرداخت و از اصول و مباني اعتقادي مكتب تشيع پاسداري كرد.