شناخت عميق پيشواي ششم از مقام ربوبي حق تعالي، او را در ميدان عمل به عبادتي گسترده و خالصانه وا داشته بود. اعتراف دانشمندان و شخصيتهاي معاصر امام (ع) در باره عبادت آن حضرت - با آنكه به يقين مي توان گفت هيچيك از آنان به مقام عبوديت آن گرامي پي نبرده اند - تا حدي ما را به اين ويژگي ممتاز امام رهنمون مي سازد. مالك بن انس، پيشواي مذهب مالكي مي گويد:

جعفر بن محمد در زندگي اش از يكي از سه حالت بيرون نبود: يا روزه بود، يا نماز مي گزارد و يا ذكر مي گفت. او از عابدان بلند مرتبت و زاهدان والامقامي بود كه از خدا مي ترسند...

سالي در سفر حج در محضر حضرتش بودم؛ زماني كه مركبش به ميقات رسيد، تا مي خواست (تلبيه) بگويد صدايش در حلقوم مي بريد و نزديك بود كه از مركب بر زمين افتد.

عرض كردم: اي پسر رسول خدا، ناگزير از گفتن (تلبيه) هستيد! فرمود: اي پسر ابوعامر! چگونه (در محضر حق تعالي) جسارت كنم و (لبيك اللهم لبيك) بگويم، در حالي كه بيم دارم خداوند در پاسخم بفرمايد: (لا لبيك و لا سعديك) . [1] حضرتش به هنگام نماز و تلاوت آيات الهي چنان حالي پيدا مي كرد كه گويي با پروردگارش حضوري گفتگو مي كرد، وي يكبار در نماز و در حال خواندن قرائت (حمد و سوره) بيهوش شد و چون پس از نماز از علت بروز چنين حالتي از وي پرسيدند، فرمود: من پيوسته آيات الهي را تكرار مي كردم تا آنكه حالي به من دست داد كه احساس كردم آيات را از خداوند مشافهة مي شنوم. [2] .