مسائل و موضوعات علمي و فكري كه از موسي بن جعفر (ع) در كتب حديث، فقه، كلام و تفسير به يادگار مانده است، از بهترين و غني ترين ميراثهاي علمي است كه اصول زندگي و روشهاي تربيتي و معارف اسلامي را با استوارترين منطق، در اختيار حق جويان قرار مي دهد.

هزاران دانشجو كه در دانشگاه بزرگ امام صادق (ع) تربيت شده و دانش آموخته بودند پس از رحلت آن حضرت، براي گذراندن مدارج عالي تر به فرزندش موسي بن جعفر (ع) - كه عهده دار اداره آن دانشگاه بود - روي آوردند و از حضرتش كسب فيض كردند.

موسي بن جعفر (ع) نه تنها در دوران امامت، بلكه در زمان حيات پدر بزرگوارش امام صادق (ع) نيز پاسخگوي بسياري از معضلات و مشكلات علمي بود.

ابوحنيفه پيشواي حنفيهاي اهل سنت، براي مذاكره درباره پاره اي از مسائل اعتقادي عازم خانه امام صادق (ع) شد. امام (ع) به استراحت پرداخته بود. ابوحنيفه منتظر نشست. در اين اثنا كودك پنج، شش ساله اي كه صورتي زيبا و پرهيبت داشت بيرون آمد. اسمش را پرسيد.

گفتند: موسي بن جعفر است. ابوحنيفه مسئله علمي و اعتقادي خود را از او پرسيد. موسي بن جعفر (ع) با استدلالي محكم و بياني منطقي به سؤالش پاسخ گفت. ابوحنيفه كه از پاسخ مستدل و منطقي امام كاظم (ع) مبهوت و وحشت زده شده بود، از خانه امام صادق (ع) خارج شد و با خود مي گفت: آنچه شنيدم مرا بي نياز كرد. [1] امام صادق (ع) خطاب به يكي از اصحابش مقام علمي فرزندش موسي بن جعفر (ع) را چنين توصيف مي كند:

(اي عيسي! فرزندم موسي از نظر علمي به حدي است كه اگر از تمام محتويات قرآن از او بپرسي با آگاهي پاسخت خواهد داد) . [2] .