موسي بن جعفر (ع) با دانش الهي خود در زمينه هاي گوناگون علمي مانند عقايد، فقه، تفسير و ديگر مسائل علمي، مرجع قشرهاي مختلف سؤال كنندگان بود. و در برخي از موارد با آنان به احتجاج و گفتگو مي نشست و در تمامي موارد، سؤال كننده با اعتراف به عجز خويش و قدرت و احاطه كامل امام (ع) در همه ابعاد، مجلس را ترك مي گفت. به عنوان نمونه، [1] محمد بن حسن، در مجلسي در مكه و در حضور هارون الرشيد از امام موسي بن جعفر (ع) پرسيد: آيا محرم مي تواند از سايه محمل خود استفاده كند؟ امام (ع) فرمود: در حال اختيار جايز نيست. پرسيد: آيا در حال اختيار مي تواند در سايه راه برود؟ فرمود: آري.

محمد بن حسن از پاسخ - به ظاهر متناقض - امام (ع) تعجب كرد و خنديد.

موسي بن جعفر (ع) فرمود:

(آيا از سنت پيامبر (ص) تعجب مي كني و آن را به استهزا مي گيري؟ رسول خدا (ص) در حال احرام سايه بان محمل خود را برداشت ولي در سايه راه رفت. احكام دين به يك ديگر قياس نمي شود و هر كس چنين كند از راه راست منحرف شده است) .

محمد بدون اينكه پاسخي داشته باشد ساكت شد. [2] در مجلس ديگري از امام (ع) سؤال شد: كسي كه سوگند خورده مال زيادي صدقه دهد چه مقدار بايد صدقه بدهد؟ امام (ع) فرمود:

(اگر داراي گوسفند است 84 گوسفند و اگر صاحب شتر است 84 شتر و اگر صاحب پول است بايد 84 درهم صدقه بدهد.) وقتي دليل اين حكم را پرسيدند فرمود:

(دليل آن اين آيه شريفه است: (و لقد نصركم الله في مواطن كثيرة) [3] مواطن و جنگهاي پيامبر (ص) پيش از نزول اين آيه 84 موطن بوده است. [4] .