امام موسي بن جعفر(عليه السلام) جهت سامان دادن به مبارزات سياسي و حمايت از نيروهاي شيعي برنامه اي تدارك ديد كه بر اساس آن نيروهاي فعال و مطمئن در مسئوليتهاي كليدي حكومت قرار مي گرفتند كه يكي از اعضاي فعال آن علي بن يقطين بود. علي بن يقطين بارها از امام(عليه السلام) خواست كه اجازه دهد از مسئوليتهاي خويش در حكومت بني عباس كنار رود لكن امام(عليه السلام) بدان رضايت نداد و او را با كلمات زير دلگرم نمود كه: شايد خداوند به وسيله ي تو شكسته احوالي ها را جبران و آتش فتنه ي مخالفان را از دوستان خويش دفع كند.

و مرتبه ي ديگر بدو فرمود: خداوند اوليائي در ميان ستمگران دارد كه به وسيله ي آنان از بندگان نيك خود حمايت مي كند و تو از اولياء خدايي.

كار علي بن يقطين در چهار جهت متمركز بود: