جلوه ي ديگر مبارزات امام موسي بن جعفر(عليه السلام) را حمايت از قيام شهيد فخ تشكيل مي دهد. او حسين بن علي بن حسن المثني بن الحسن المجتبي(عليه السلام) است و نام مادرش زينب دختر عبدالله محض است و از آنجا كه در سرزمين فخ واقع در يك فرسخي مكه به شهادت رسيد معروف به شهيد «فخ » گشت.

روايات بسياري در فضيلت اين بزرگمرد نقل شده است از آن جمله اينكه پيامبر(ص) به هنگام عبور از سرزمين فخ فرمود: جبرئيل بر من نازل شد و گفت اي محمد مردي از خاندان تو در اين سرزمين شهيد خواهد گشت و شهيد با او ثواب دو شهيد را خواهد برد.

و از امام صادق(عليه السلام) نيز نقل شده است كه به هنگام رسيدن به سرزمين فخ نمازگزاردند و در پاسخ به سؤال راوي كه آيا اين جزء اعمال حج است فرمود:

نه و ليكن در اين سرزمين مردي از خاندان من به همراه عده اي شهيد خواهد شد كه ارواح ايشان بر اجساد آنان به سوي بهشت پيشي خواهد گرفت.

اين بزرگوار كه از ستم و فشار روحي توسط فرماندار مدينه براي علويين به ستوه آمد و دست به قيام مسلحانه زد و اين جريان در زماني بود كه خليفه ي ستمگر بني عباس به نام «هادي » حكومت مي كرد. قرار شد شبانگاهان قبل از اذان صبح حركت آغاز شود. حسين كه رهبري قيام را عهده دار بود به خدمت امام موسي(عليه السلام) رسيد. حضرت توصيه هايي به اين شرح برايش بيان نمود: انك مقتول فاجد الضراب فان القوم فساق يظهرون ايماناً و يضمرون نفاقاً و شكا فانا لله و انا اليه راجعون: تو شهيد خواهي شد ضربه ها را نيكو بزن و نهايت تلاش خود را بنما، اين مردم فاسق هستند به ظاهر ايمان دارند و در باطن خود نفاق و شك را پنهان مي دارند همه ما مملوك خداييم و به سوي او باز مي گرديم. آنچه تاييد و حمايت امام را از اين نهضت بيشتر بيان مي دارد جملاتي است كه حضرت بعد از شهادت حسين رهبر قيام فخ بيان داشته است فرمود: به خدا قسم كه حسين در حالي از دنيا رفت كه مسلمان و نيكوكار و روزه دار و امركننده به معروف و ناهي از منكر بود در خاندانش همانند نداشت.

هادي خليفه ي عباسي پس از قيام حسين گفت: والله ما خرج حسين الا عن امره و لااتبع الا محبته لانه صاحب الوصيه في اهل هذا البيت قتلني الله ان ابقيت عليه:

به خدا سوگند كه حسين به دستور موسي بن جعفر قيام نمود و دنبال نكرد مگر آنچه را كه او دوست داشت زيرا او وصي اين خاندان است خدا مرا بكشد اگر او را زنده نگه دارم. و بالاخره پنجمين جلوه مبارزاتي حضرت امام موسي بن جعفر را مي توان در زندانهاي طولاني آن بزرگوار ديد كه خود نشانه ي جاودانه از فرهنگ مبارزاتي آن امام همام مي باشد و همواره شكوه و عظمت مرزبانان حماسه جاويد را فرا راه حق جويان قرار مي دهد و لازم است كه در نوشتاري مستقل مورد بحث قرار گيرد. در اينجا جملاتي از زيارتنامه حضرت را يادآور مي شويم كه مي فرمايد:

السلام علي المعذب في قعر السجون و ظلم المطامير ذي الساق المرضوض: سلام و درود الهي بر موسي بن جعفر آنكه گرفتار شكنجه ي زندانهاي تاريك بود و با پاهايي مجروح از اين جهان رخت بربست.