امام موسي كاظم (ع) در علم و دانش نيز سرآمد بود؛ هنوز كودكي بيشتر نبود كه فقهاي مشهوري چون ابوحنيفه از او مسأله مي پرسيدند و كسب علم مي كردند. ايشان از همان كودكي در مجلس درس پدر، كه مؤسس و رئيس دانشگاه جعفري است، شركت مي جست و روح و جانش را از سرچشمه علوم و معارف اصيل اسلامي سيراب مي كرد. در بحثهاي علمي حضور مي يافت و در ميان بهت اطرافيان، فردي كهنه كار و قوي، اهل بحث و منطق و قادر به اثبات مباحث دشوار و معضل علمي بود و اين موجب محبوبيت آن حضرت نزد امام جعفر صادق (ع) و اصحاب گرديده بود.

ايشان پس از پدر نهضت علمي او را دنبال كرد و پيروانش را كه پراكنده شده بودند، از نو گرد هم آورد و به مجلس درس آنها سر و سامان داد. البته وضعيت براي اين اقدام امام مساعد نبود، اما او از هر فرصتي براي تحقق اين هدف سود مي جست و لحظه اي از تلاش و كوشش باز نايستاد و در راه تكامل جنبش علمي و نهضت فرهنگي اسلام تلاش كرد و صدها محدث، مفسر و مبلغ تربيت نمود و به كمك آنها توانست از مكتب تشيع پاسداري كند و حركت آن را تداوم بخشد.

امام كاظم (ع) مردم را به تفكر و تعقل دعوت مي كرد و متذكر مي شد هر چيزي راهنمايي دارد و راهنماي عقل، تفكر است و از نشانه هاي تفكر، سكوت و خاموشي است. اين خود سبب مي شود افراد كمتر سخن بگويند و بيشتر بينديشند تا حقايق را به دست آورند. ايشان در اين خصوص مي فرمايد: «آدمي از سوي خدا دو حجت دارد: حجت ظاهر و حجت باطن. حجت ظاهر، خدا و انبيا و ائمه اند و حجت باطن، عقل است».

يادگارهاي علمي و فكري امام موسي بن جعفر (ع) كه در كتابهاي حديث و فقه و كلام و تفسير ثبت گرديده است يكي از بهترين و غني ترين ميراثهاي علمي است كه اصول زندگي و روشهاي تربيتي و معارف ماوراءالطبيعه را با محكم ترين و استوارترين بيانها در اختيار پويندگان آن معارف قرار مي دهد و اسرار آفرينش را با عالي ترين بيانات توضيح مي دهد كه امروز علم با آن همه پيشرفت و ترقي فراتر از آن گام ننهاده است.

يكي از يادگارهاي علمي و كلامي امام كاظم (ع)، حديث شريف «عقل» است كه مباني كلامي و فلسفي مستحكمي دارد.

صدر المتألهين- در شرح و تقريط حديث شريف عقل كه امام (ع) به يكي از ياران خود بنام «هشام بن حكم» القاء فرموده است، چنين مي نويسد: «اين حديث عقل در برگيرنده بزرگترين مشخصات و ويژگيهاي عقل است كه در محتويات خود معارف عاليه اي از قرآن مجيد را دارد اين حديث شريف محتوي معارف پر ارج الهي است كه همانند آن را در چندين مجلد از كتابهاي عرفا و دانشمندان صاحب نظر نمي توان پيدا نمود. جامعيت حديث از آن نظر است كه اشاراتي به علم ماوراءالطبيعت فلكيات، روان شناسي، اخلاق، سياست مدني، تربيتي و... دارد و از نظر مواعظ و پند و اندرز سرشار و غني است».

امام موسي بن جعفر (ع) بعد از رحلت پدر عاليقدرش مدير دانشگاه وسيع و بزرگي بود كه از پدر به ميراث مانده بود. دانشگاهي كه مديريت علمي آن به امام واگذار گرديد، در حال توسعه و گسترش و در برگيرنده هزاران دانشجو و استاد بود كه در كلاسهاي مختلف آن از مكتب پر فيض امام صادق (ع) دانش آموخته و اكنون مشغول گذراندن مدارج عالي تري از دانش و فضيلت بودند.

گروههاي متعددي از متكلمان و فقيهان، فيلسوفان و محدثان، مفسران و مورخان، اديبان و شاعران و ديگر طبقات مختلف علمي اكنون متوجه مقام علمي الهي امام موسي بن جعفر (ع) گرديده اند و از كمالات و فضايل و دانش بي پايان او بهره مند مي شدند و گرد شمع وجود او را فرا مي گرفتند تا مباني مكتب فكري و علمي اسلامي را غني تر و پربارتر سازند و نور درخشان اسلامي را روشن تر و تابان تر نمايند.

امام موسي بن جعفر (ع) دانشمندترين و با فضيلت ترين مردم عصر خود بود و علم و دانش او همانند انبيا از منبع پر فيض الهام و كرامت الهي سرچشمه گرفته بود و در مكتب تربيتي خاندان رسالت و طهارت (ع) تكميل و سرشار گرديده بود.

علي بن ابي حمزه يكي از سران و اركان گروه واقفيه مي گويد: در سال آخر عمر امام صادق (ع) نزد فرزندش، موسي بن جعفر (ع) رفتم و پرسيدم: «سن شما چقدر است؟»

فرمود: «19 سال»

گفتم: «پدرتان رازي را با من در ميان گذاشته است. آيا مي توانيد بگوييد آن راز چيست؟»

فرمود: «آري» و سپس تمام مطلب را بي كم و كاست بيان فرمود. علي بن ابي حمزه در جايي ديگر مي گويد: نزد حضرت موسي بن جعفر (ع) بودم كه 30 غلام را كه از حبشه براي او خريده بودند، به محضرش آوردند. يكي از آنها كه نيكو سخن مي گفت با امام سخن گفت.

امام (ع) نيز با همان زبان جواب وي را گفت. آن غلام و نيز تمام جمع از اين مسأله شگفت زده شدند. آنان گمان كردند امام زبانشان را نمي فهمد. ايشان به آن غلام گفت: من به تو پولي مي دهم و تو به هر يك از اين غلامان 30 درهم بپرداز. غلامان از محضر امام خارج شده به هم مي گفتند: او - امام موسي كاظم (ع) - بليغ تر از ما به زبان خود ما سخن مي گويد و اين نعمتي است كه خداوند به ما ارزاني داشته است.

علي بن ابي حمزه گويد: به آن حضرت عرض كردم: اي فرزند رسول خدا! چنين ديدم كه شما با اين حبشي ها با زبان خودشان سخن گفتيد؟! آن حضرت فرمود: آري. گفتم: در ميان آنها تنها به آن غلام امر كرديد؟! فرمود: بلي به او گفتم كه در حق ساير بردگان نيكي كند و به هر يك از آنها ماهيانه 30 درهم بپردازد، چون او وقتي به سخن آمد از ديگران داناتر مي نمود، او از تبار پادشاهان آنها بود. پس او را بر ديگران گماردم تا به نيازهاي آنها رسيدگي كند. افزون بر اين او غلامي راستگوست. سپس فرمود: شايد تو از اينكه من با آنان به زبان حبشي سخن گفتم در شگفت شدي؟ گفتم: به خدا سوگند آري. فرمود: تعجب نكن! امام به منزله درياست كه آنچه نزد اوست هيچ گاه تمام نمي شود و شگفتيهاي او بيش از شگفتيهاي درياست.