تولي بعد المنصور ولده محمد المهدي عشر سنين و شهرا و ستة عشر يوما، و لم يتعرض المهدي في بداية حكمه للامام بمكروه و لم ينله بسوء، مكتفيا بوضع الرقابة الشديدة عليه، و لما رجع أكثر المنحرفين عن الامام الي القول بامامته، و التف حوله الرواة و العلماء، فاشتهر أمره و ذاع صيته، عمد المهدي الي استدعائه الي بغداد فحبسه، قاصدا التنكيل به و قتله، لكن ارادة الله كانت تحول دون ذلك، فأطلق سراحه بعد أن رأي برهان ربه، و الظاهر من الروايات أنه اعتقله أكثر من مرة، و في كل مرة كان ينجو عليه السلام بارادة الله تعالي.