سبق الحديث عن علم الإمام ونعود هنا لنثبت رواية طريفة في علمه، حيث ينقل عن محمد بن النعمان المعروف بأبي حنيفة إمام المذهب أنه قال:

(رأيت موسي بن جعفر وهو صغير السن في دهليز أبيه، فقلت: أين يحدث الغريب منكم إذا أراد ذلك؟ فنظر إليّ ثم قال: يتواري خلف الجدار ويتوقَّي عن أعين الجار، ويتجنب شطوط الأنهار ومساقط الثمار، وأفنية الدور والطرق النافذة، والمساجد، ولا يستقبل القبلة، ولا يستدبرها، ويرفع ويضع ذلك حيث شاء.

قال: فلما سمعت هذا القول منه، نبل في عيني، وعظم في قلبي فقلت له: جعلت فداك ممن المعصية؟ فنظر إليّ ثم قال: إجلس حتي أخبرك، فجلست فقال: إن المعصية لابد أن تكون من العبد أو من ربه أو منهما جميعاً، فإن كانت من الله تعالي فهو أعدل وأنصف من أن يظلم عبده ويأخذه بما لم يفعله، وان كانت منهما فهو شريكه، والقوي أولي بإنصاف عبده الضعيف، وإن كانت من العبد وحده فعليه وقع الأمر، وإليه توجه النهي، وله حق الثواب والعقاب، ووجبت الجنة والنار فقلت:

[ذريةً بعضها من بعض] (آل عمران / 34).

وروي عنه الخطيب في تاريخ بغداد، والسمعاني في الرسالة القومية، وأبو صالح أحمد المؤذن في الأربعين، وابو عبد الله بن بطة في الإبانة، والثعلبي في الكشف والبيان، وكان أحمد بن حنبل مع انحرافه عن أهل البيت (ع) لما روي عنه قال: حدثني موسي بن جعفر قال: حدثني أبي جعفر بن محمد وهكذا إلي النبي (ص) ثم قال أحمد: (وهذا إسناد لو قُرِأ علي المجنون أفاق).