درباره كيفيت شهادت امام سه روايت مختلف نقل شده است:

1.شهادت آن حضرت در پي مسموم كردن امام صورت گرفته است. اين در روايتي از امام رضا عليه السّلام آمده است. همينطور روايات ديگري كه يحيي بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مي كند، اين نكته آمده است.
2. در نقلي آمده است كه آن حضرت را در فرشي پيچانده و چنان فشار داده اند كه حضرت به شهادت رسيده است. [1]
3.روايت ديگر آن است كه مستوفي نقل كرده: شيعه گويند به فرمان هارون الرشيد سرب گداخته در حلق ايشان ريختند. [2]

در اين باره روايتي كه بيش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام است. پس از شهادت امام، جسد مبارك آن حضرت را به دو دليل در معرض ديد خواص اهل بغداد و عموم مردم قرار دادند:

1.بنا به نوشته اربلي، سندي بن شاهك، فقها و وجوه اهل بغداد را كه هيثم بن عدي نيز در ميان آنها ديده مي شد، بر سر جسد مبارك امام آورد تا ببينند زخم و جراحت و يا آثار خفگي در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبيعي از دنيا رفته است.
2.از آنجا كه برخي از شيعيان معتقد به مهدويت آن حضرت بودند و يا احتمال داشت اعتقاد به مهدويت او پيدا كنند، جسد امام را روي پل بغداد بر زمين نهادند و يحيي بن خالد دستور داد تا فرياد زنند: اين موسي بن جعفر است كه رافضه معتقدند او نمرده است. پس از آن مردم آمده و او را در حالي كه از دنيا رفته بود نگاه كردند. آنگاه جنازه را در «باب التين» بغداد در مقبره قريشي ها دفن كردند. [3]

تاريخ شهادت امام بنا به نقل شيخ صدوق 25 رجب 183 بنا به نقل شيخ مفيد 24 رجب، و در نقل مستوفي، روز جمعه 14 صفر بوده است .