يكي از دستاوردهاي مهم دانشگاه جعفري تبيين فقه اسلامي به روش ناب محمدي است. مقدمتاً بايد دانست كه تفاوت اساسي دستگاه خلافت در اسلام با ديگر دستگاه حكومتي در اين است كه دستگاه خلافت در اسلام يك دستگاه سياسي - مذهبي است؛ از اين رو خليفه علاوه بر سمت رهبري سياسي، متكفل امور ديني و مذهبي مردم نيز هست.

با توجه به اين جهت، خلفاي اموي و عباسي كه از اسلام و حقايق آن بيگانه بودند، سعي مي كردند اين كمبود را از طريق جذب رجال ديني وابسته به خود تأمين كنند تا بدان وسيله بتوانند هم مردم را فريب دهند و هم در مواقع لازم، دستورهاي الهي را به اقتضاي مصالح حكومتي خود دگرگون سازند.

امام صادق با ايجاد دانشگاه جعفري و تدريس و تبيين فقه به روشي غير از روش عالمان درباري، رو در روي دستگاه خلافت قرار گرفت و بدين وسيله تمام تشكيلات مذهبي و فقاهتي رسمي و رايج را كه در خدمت دربار بودند تخطئه كرد و تهي بودن دستگاه خلافت را از اسلام و فقه اسلامي به اثبات رسانيد.

پيشواي ششم براي مبارزه با تز خائنانه (جدايي قرآن از عترت پيامبر) و جلوگيري از تفسير به رأي آيات الهي، به تفسير قرآن به روش اهل بيت عصمت همت گماشت و دانش تفسير را با نظريات بيت رسالت و امامت غني ساخت و در اين رشته از دانش - قرآن افراد زبده اي را تربيت كرد.