در اين باره سه روايت مختلف وارد شده است:

1. شهادت امام عليه السلام در پي مسموم كردن ايشان عليه السلام صورت گرفته است. اين مطلب در روايتي از امام رضا عليه السلام رسيده و روايات ديگري كه يحيي بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مي كند، اين مطلب را تأييد مي نمايد.

2. در روايتي آمده كه امام عليه السلام را در فرشي گذاشته و پيچانده و چنان فشار داده اند كه امام عليه السلام به شهادت رسيده است.

3. در روايت ديگري وارد است كه مستوفي نقل كرده: شيعه گويند به فرمان هارون سرب گداخته در حلق امام عليه السلام ريخته اند و او را از بين برده اند [1] .

ولي در اين زمينه، روايتي كه بيش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام عليه السلام است. پس از شهادت امام عليه السلام، جسد مبارك وي را به دو دليل در معرض ديد خواص اهل بغداد و عموم مردم قرار دادند:

1. بنا به نوشته ي اربلي، سندي بن شاهك، فقها و وجوه اهل بغداد را كه هيثم بن عدي هم در ميان آنها ديده مي شد، بر سر جسد مبارك امام عليه السلام آورد تا مشاهده كنند زخم و جراحت يا آثار خفگي در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبيعي از دنيا رفته است.

2. از آنجا كه برخي از شيعيان معتقد به مهدويت آن امام عليه السلام بودند يا احتمال داشت اعتقادي اين چنين پيدا كنند، جسد امام عليه السلام را روي پل بغداد بر زمين نهادند و يحيي بن خالد دستور داد تا فرياد بزنند: اين موسي بن جعفر است كه رافضه معتقدند او نمرده است.

آن گاه مردم گروه گروه آمدند و امام عليه السلام را نگاه كردند. سپس جنازه ي امام عليه السلام را در باب التين بغداد در مقبره ي قريشي ها دفن كردند.

تاريخ شهادت امام عليه السلام به نقل شيخ صدوق رحمه الله بيست و پنجم رجب سال صد و هشتاد و سه و بنا به نقل شيخ مفيد رحمه الله بيست و چهار رجب و به نقل مستوفي، روز جمعه چهارده صفر بوده است.